Considerado o ouro azul do século XXI, á agua doce, objeto de "Limnologia" (estudo da ecologia de águas continentais, como rios, riachos e lagoas), coloca o Pantanal em posição provilegiada.
A Bacia do Alto Paraguai (BAP) é formada por sub-bacias, cujos rios convergem para o rio Paraguai, seu principal canal de drenagem. Conservar as sub-bacias da BAP é fundamental para a manutenção das inundações anuais, ou pulso de inundação, e consequentemente os ciclos de cheia e seca. Estes ciclos anuais, e os plurianuais, determinam as caractrísticas ecológicas do sistema, ora favorecendo as espécies animanis e vegetais relacionadas à fase de seca (terrestres), ora as espécies aquáticas e, mantendo desta forma, alta biodiversidade e alta produtividade do ambiente (produtividade pesqueira, por exemplo). A compreensão do fenômeno da "Dequada" (deteriorzção durante a inundação), característico da região, também é importante, pois dependendo de sua magnitude pode provocar a morte de toneladas de peixes.
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